Главное — в трансепте. Слева от алтаря притулился «Воскресший Христос» — поздняя работа Микеланджело, к которой довольно неудачно приложили руку ученики (они, в частности, прикрыли Иисуса набедренной повязкой, чтобы лишние подробности не смущали верующих, и обули его в сандалии). Справа в углу — капелла Карафа, где покоится папа Павел IV, вошедший в историю как гонитель протестантов, создатель римского гетто и страшный ханжа, повелевший намалевать тряпицы вокруг чресл всех четырех с лишним сотен персонажей «Страшного суда» в Сикстинской капелле. Впрочем, капеллу прославил не сам папа, а его родственник: он заказал Филиппино Липпи фрески, где святой Фома Аквинский прерывает Благовещение, чтобы представить Мадонне монсиньора Оливьеро Карафу. Остальные части росписи — «Успение Богородицы», «Триумф Фомы Аквинского над ересью» (жест Фомы, загибающего пальцы, призван символизировать его пять доказательств бытия Божьего) и «Явление Христа Фоме Аквинскому».

«Мадонна с младенцем» в капелле Франджипане (вторая слева от алтаря) приписывается Беато Анджелико, чья гробница находится здесь же, бок о бок с совершенно языческого вида саркофагом: некто Джованни Арберини вдохновился идеями Ренессанса настолько, что памятник себе заказал из античной мраморной плиты со львом и Гераклом. В алтаре, под мраморной триумфальной аркой работы младшего Сангалло, покоятся веселые растратчики и меценаты — папы Медичи, Лев x и Климент VII, бок о бок с провидицей и проповедницей святой Екатериной Сиенской, дочерью красильщика, которой удалось вернуть пап в Рим из Авиньона. Еще в боковых капеллах есть фрески Перуджино («Воскресение» в третьей капелле слева) и Антониаццо Романо («Благовещение» в пятой справа), скульптуры Мино да Фьезоле (памятник Франческо Торнабуони справа от входа) и Бернини (надгробия Марии Раджи и кардинала Виджевано).

Когда-то в этот-то храм изящных искусств приводили еретиков, чтобы они публично отреклись от своих вредных убеждений: трибунал инквизиции заседал в пристроенном к Санта-Мария-сопра-Минерва доминиканском монастыре. Самой знаменитой его жертвой был Галилей: если когда-нибудь он говорил: «И все-таки она вертится», то прозвучало это именно здесь.
Отречения произносились также на месте публичных казней — на площади Санта-Мария-дель-Пополо.